أنشئت المؤسسة بقرار رئاسي وفق القرار رقم 114 في عام 1994 والقرار رقم 13 في عام 2004، لتكون مؤسسة وطنية مستقلة ذاتية الإدارة، وتُعنى أكاديمية فلسطين للعلوم والتكنولوجيا بتحفيز سير العلوم والتقدم التكنولوجي والابتكار والإبداع في فلسطين، كما وتُعنى بحسن توظيف هذه المجالات نحو التنمية الاقتصادية والاجتماعية والإنسانية في المجتمع الفلسطيني. وتعمل الأكاديمية يداً بيد مع العديد من الشركاء في الأكاديميا والحكومة والمصالح المحلية والعالمية نحو تحقيق هذا الهدف، إذ ترى المؤسسة أن توطيد الجهود الوطنية وخلق التعاون بين المؤسسات هو أمر في غاية الأهمية في ضوء شح الموارد المتوفرة وحجم التحديات التي تواجه الوطن. يقع مقر الأكاديمية في مدينة القدس، ولها أيضاً مكاتب في مدينتي رام الله وغزة.